在秦漢前后的漫長歲月中，土著先民在人類的生產活動中嘗草識藥，治驗疾病，經歷了本能經驗積累、初期醫療活動及巫醫影響的過程;五代以來，由于外來民族遷徙定居于土家族地區，土家族民間醫療活動較為活躍。

清朝雍正年間對土家族地區實行“改土歸流”后，土家族中的有識之士，在前人識藥治病，實踐知識累積的基礎上，進行了理論上的總結和實踐的反復驗證，使土家族醫藥有了進一步的發展。這時期土家族民間出現了許多醫藥抄本，如湘西有《老祖傳秘方》、《草藥十三反》、《七十二方》等。清末恩施州名醫汪古珊著有《醫學萃精》一書，此書是集傳統中醫與土家族醫藥為一體、突出地方特色的醫藥專著。

土家族醫藥認為*主要由三元、十竅、肢節、筋脈、氣血精組成，認為產生疾病的主要原因是瘟氣(指引起疾病之風、寒、濕、火)、生活飲食、勞損外傷、情志、氣血失調、冷熱失衡等因素。土家族醫藥在長期的臨床實踐中，逐步積累了一些獨特的診療方法。

主要通過看診、問診、聽診、脈診、摸診等五個方面來觀察和了解疾病的變化，分析判斷疾病的癥結。土家族醫藥的臨床治療方法繁多，歸納起來可分為兩大類：一是藥物治療，二是非藥物療法。土家族醫藥的非藥物治療方法獨特，簡便廉易，臨床上有較好的效果。

50年代后期，湘西土家族苗族自治州各縣對中草藥進行重點調查，60年代末至70年代初中期，各地廣泛開展“一根針”、“一把草”防病治病，有力地促進了民族醫藥的發展。1978年，湘西州成立了醫藥科學研究所(后更名為湘西州民族醫藥研究所)。70年代末，恩施地區成立中草藥研究所。1988年湖南省成立了民族醫藥研究會，召開了首屆土家族醫藥學術研討會，專題研討土家族醫藥。

湖北省恩施土家族苗族自治州在州縣醫院內，還開設了具有土家族醫藥特色的痔科、骨科、骨傷科、民族醫專科等診療科室。在土家族醫藥學術繼承方面，各地也做了許多整理和繼承工作。在民族醫藥保健產品的研制上，各地都根據自身特點進行大膽嘗試。土家族醫藥研究及國內外學術交流從80年代中期也開始活躍起來。