蒙醫藥學是我國四大少數民族醫藥學之一，是蒙古族人民在與自然和疾病斗爭的長期實踐中創造、積累和精選出來的有獨特風格的經驗之結晶。在長期的發展過程中不斷吸取兄弟民族藥物學理論和實踐經驗，使之益趨完善，總結出一整套用藥規律，應用于臨床，從而達到了防病、治病和健身的目的。

1.經驗和知識的積累時期

在古代，蒙古族的祖先常年在遼闊的草原上過著逐水草而游牧、狩獵的生活。四野臨時住宿、飲食且以牛羊肉及乳汁為主，因此創造了許多適合北方地區自然環境、生活習俗特點的醫療方法和技術。在與自然界的各種動物、植物、溫泉、礦泉、礦物等廣泛的接觸之中，逐步發現了能夠醫治疾病的藥用動、植、礦物，并將之反復應用于各種疾病的治療，不斷總結、積累，并全靠言傳身教。蒙古族有句古老的諺語：“病之源食不消，藥之源百煎水。”是說自從有了火，人們飲用開水后使因消化不良引起的疾病減少。如人們傷寒感冒時，服用苦參湯發汗治病;肝火旺盛、目赤、目黃時沖干紅花與白糖飲服等等經驗治療方法。這些寶貴的經驗經過代代身教一直流傳至今。

隨著知識與經驗的積累，藥物應用的方式、方法也有了很大的改進，達到了用復方治病的程度，也有了一定的重量概念和制劑技術。早在公元前，匈奴人還將“磐石、桂心、附子、干姜各100 g，研細制成丸，治療寒病。”此方在7世紀時以“匈奴露宿丸”為名載入孫思邈的《千金要方》。

2.形成學說時期

公元10世紀末至公元16世紀末是蒙藥學的形成時期。公元10世紀末，蒙古各部落逐漸強盛起來，隨著成吉思汗統一蒙古進入封建社會，蒙古民族與國內各兄弟民族之間的文化交流得以開展，在此影響下，當時處于萌芽階段的蒙藥知識也有了新的發展。據史書記載，公元1226年在蒙古軍中瘟病流行就曾有用大黃治愈的實例。據拉施特《史集》記載：當時的蒙古人不但應用“哈迪爾(一種烈性藥)、大黃、肉蓯蓉、沙棘棘等多種藥物，而且有些部落以熟悉蒙古藥劑，用蒙古方法治病而聞名于世。”此外食療、療術、食療本草也有了很大的發展。元代飲膳大師忽思慧所撰寫的《飲膳正要》記載了具有蒙古族特有的食療配方，且廣泛應用于宮廷及民間，一直流傳至今。

在元代，國內各民族文化交流和中西文化交流很頻繁，占有重要歷史位置。此期，蒙醫藥的理論及市場也有了較大的進展，在國內，各民族醫藥相互交流，而且東南亞、阿拉伯國家的醫藥的交流及傳人，國內已有合法行醫賣藥，開辦醫院等機構。13世紀末，在元大都和上都分別建立了“回回藥物院”。隨著文化交流、藥物交流，蒙古族醫生用的藥物品種也日益增多，藥物知識更加豐富，藥物理論也逐漸產生。