在中醫典籍《黃帝內經》中，清濁是經常被使用的詞語，幾乎與寒熱、氣血、陰陽一樣屬于基本概念，是含義十分豐富的“元概念”。但過去并未引起人們足夠的重視——在《內經》中，清濁用來表示不同的生理現象，書中也常以此形象地闡述各種病因和病機。

　　用清濁表示生理物質的稀稠

　　《內經》說“濁氣出于胃”，又說“濁氣歸心”，認為十二經脈有清濁不同的屬性，是因為其中的血之清濁不一樣。生理狀態下，清者為營，濁者為衛。

　　《內經》作者認為，血液的清濁是可以通過實驗檢驗的，并不是理論推測。《靈樞·經水》說：“八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而視之。”*五藏的堅脆，六腑的大小，儲存多少水谷，以及“脈之長短，血之清濁，氣之多少”，甚至十二經之中，各條經脈血與氣的比例，孰多孰少，“皆有大數”，都可通過一定手段檢測獲得。文中提到的“血之清濁”，是《內經》作者經常使用的學術語言。

　　《素問·五臟別論》說六腑“受五藏濁氣，名曰傳化之府”。六腑里的“水谷濁物”就像泥沙俱下的江河一樣渾濁不清，與五臟儲存精微物質明顯不同。

　　用清濁說明體液的陰陽升降

　　《素問·陰陽應象大論》認為“寒氣生濁，熱氣生清”。清氣在下，不能上升，就會出現泄瀉;濁氣在上，不能下降，就會出現脹滿。這是因為“陽升陰降”受阻而出現的病證。因為正常的情況下，“清陽為天，濁陰為地”，*與之相應，也應該“清陽出上竅，濁陰出下竅;清陽發腠理，濁陰走五臟;清陽實四肢，濁陰歸六腑”。這里把清濁與陰陽相聯系，說明生理代謝時“升降出入”的原理。

　　《靈樞·陰陽清濁》論述氣的清濁，說“濁而清者，上出于咽，清而濁者，則下行。清濁相干，命曰亂氣。”其中“濁而清”與“清而濁”，指的是清與濁之間的轉化，與陰陽之間的轉化一樣，清濁也可以互化，“濁中有清，清中有濁”，二者是變動不居的。