蒙藥的內容主要包括：五元、六味、藥力、藥性、藥物功能。

五元蒙藥學以古代樸素的五元（土、水、火、氣、空）為理論基礎。認為植物發育生長與“五元”有密切的關系。土是植物的基礎,是植物吸養之源,生命之根本。水是植物所需養料的溶媒，也是植物體內運化因子，有滋潤營養植物、促進其生長的作用。火在植物內為能量、

動力因子；外界的陽光、溫度，使植物生長成熟。氣在植物內為生化因子，氣具有養育植物、促其生長的作用。空在植物內為間隙因子,是物質形成管腔孔道之因素,外界是一切物體所存在的空間。

六味藥物有不同的味道，這些味道，是五元在藥物形成的過程中，經過復雜作用而造就的，概括起來可分為甘、酸、咸、苦、辛、澀六種。甘味，在五元中以土、水含量為主，其他元素為輔。酸味，在五元中以火、土含量為主，其他元素為輔。咸味，在五元中以水、火含量為主，其他元素為輔。苦味，在五元中以水、氣含量為主，其他元素為輔。辛味，在五元中以火、氣含量為主，其他元素為輔。澀味，在五元中以土、氣含量為主，其他元素為輔。除單一味道外，還有兩種以上的味結合而產生的“中性味”，以及由于味的轉化、相互作用而產生的苦中苦、甘中甘等結合成復雜的“復合味”，盡管變化復雜，仍可歸納于基本六味的范疇之內。

藥力藥物品種雖然繁多，但不外寒熱兩性，即陰性和陽性兩大類型。熱性藥物多生于熱處及向陽處，獲得了充足的陽光，陽性藥物藥力充沛，才有完備的熱性藥力，有升陽、消食、祛風寒、除痰濕的作用。應用過量則引起頭暈、頭痛、發燒、煩渴等癥狀。寒性藥物多生于寒處及陰涼處，獲得充足的月輝，陰性藥物藥力充沛,才有完備的寒性藥力,有鎮靜安神、健身澤膚、祛瘀、降火的作用。應用過量則引起胃陽衰弱、抽搐等。再據藥物寒熱兩性的程度差異，陰陽二性又分為中間型、復合型等，并有熱中熱、寒中寒、寒、熱、溫、涼等進一步的區別。治療陰性病（寒性疾患），則用陽性藥（溫熱藥）；活療陽性病（熱性疾患），則用陰性藥（寒涼藥）。這是一般準則。

藥性藥物的性能或藥理作用。蒙醫用藥的基本原則就是利用蒙藥的性能調整機體內部的“赫依”、“希拉”、“巴達干”的偏盛偏衰。若三者保持平衡和協調，就健康無病；如果三者失去平衡,便會產生各種病變,甚或導致死亡。古人在臨床用藥中，將藥物性能總結為重、脂、寒、鈍、輕、澀、熱、銳等八種。其中，重、脂二性克制“赫依”病證,寒、鈍二性克制“希拉”病證,輕、澀、熱、銳四性克制“巴達干”(痰、寒、濕)病證。再者，輕、澀、寒三性生“赫依”（風）；熱、銳、脂三性生“希拉”(火)；重、脂、寒、鈍四性生“巴達干”（寒）。

藥物功能有柔、重、溫、脂、固、寒、鈍、涼、和、稀、燥、淡、熱、輕、銳、澀、動等17種。

蒙醫根據藥物的寒熱兩性,派生出8種藥物性能，最后又發展成為藥物的17種功能。在臨床實踐中運用這17種藥物功能去克制疾病的20種基本性質。