四川大學華西第二醫院生殖內分泌科經過40多年的建設和發展，目前已成為西部地區規模最大的婦產科亞專業之一，主要承擔婦科內分泌疾病和不孕癥的相關診斷和治療，并開展各類計劃生育相關工作。
開設了生殖內分泌門診、不孕不育門診、更年期門診、監測排卵、營養運動檢測等特色專科門診。科室開展主要醫療業務包括：婦科內分泌疾病（包括月經紊亂、功能失調性子宮出血、多囊卵巢綜合征、圍絕經期綜合征、性分化異常及性發育異常等）的診斷、治療；不孕癥的診斷、治療及顯微外科的各種復孕手術；婦科內分泌疾病及不孕癥的內腔鏡（包括腹腔鏡和宮腔鏡）診斷和治療；西部地區女節育手術并發癥和婦科內分泌疑難重癥的診斷、轉診、處理及搶救；各種計劃生育及計劃生育相關手術，各種新避孕方法的應用及推廣等等。
每年除收治大量手術病人外，還接收藥物流產、排卵監測、營養運動監測等病人，為計劃生育及生殖內分泌相關患者提供了高水平的診療服務。同時，結合本專業多發疾病及臨床常見問題，每年堅持學術講座和讀書報告30余次，不斷提高對本專業基本的診斷和處理能力。