(1)藥物治療；主要是激素療法。因為異位內膜對卵巢內分泌有反應，所以采用性激素治療已成為本病的重要治療方法。性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經，使異位內膜發生退行性變，繼而壞死、吸收。經過性激素泊療后約有85%的病人的癥狀可緩解，也有的病人經治療后妊娠。但性激素類藥物如常有不同程度的副反應，如食欲減退、惡心、肝功能不正常等，停藥后可以消失。也有些病人長期使用后，療效不夠穩定，且停藥后容易復發。因此性激素治療應當在醫生指導下應用。目前常用的性激素有雄激素、孕激素、雌激素、丹那唑等。

(2)手術治療：經藥物治療無效，卵巢形成較大的囊腫(內膜異位)、盆腔病變嚴重或癥狀嚴重者，應考慮手術治療。手術可分為保守性、根治性和半保守性3種：①保守性手術：主要是切除患側卵巢或剝除卵巢內膜異位囊腫，分離盆腔粘連，清除盆腔病灶，保留生育機能。這種手術多用在年輕和要求生育的病人。②根治性手術：包括全子宮、雙附件及盆腔病灶切除。主要用在年齡較大的近絕經期的病人后半保守性手術；就是切除子宮或子宮病灶，切除盆腔病灶，保留一側或雙側卵巢。保守性或半保守性手術因為保留了卵巢，所以病變可能復發，甚至要再次手術。這些病人通常在保守性手術后，要用性激素治療一段時間。