臨床上，典型的生殖器皰疹易識別，部位多發生在男性的包皮、龜頭上或女性的大小陰唇、陰蒂上，表現為群聚或散在的小水皰，周圍稍紅，約經2-4天皰破、糜爛、結枷，一般自覺癥狀不明顯或微痛，7-10日左右可愈，但極易復發，故稱復發性生殖器皰疹。

不典型的生殖器皰疹又稱亞臨床型，有報道可占感染者的50%-70%，較難識別，有時僅表現為包皮、龜頭、大小陰唇上的細微裂口、表淺糜爛，甚至是局限性紅癍，除皮疹不典型外，部位也不典型，如有的在肛門周圍、臀部骶尾部、會陰部、甚至下腹部。由于癥狀或部位的不典型易被忽略，耽擱了就診時間也成為該病的主要傳染源。

典型的生殖器皰疹，根據不潔性交史、外生殖器上成群小水皰、易于復發的特點診斷并不難，而某些不典型的病人則要進行實驗室檢查，如細胞學檢查、病毒培養、抗原檢測、特異性抗體檢測、PCR法檢測等，以便進一步確診，及時治療。

生殖器皰疹的治療原則為抗病毒及提高機體抵抗力。抗病毒藥可選用阿昔洛韋、泛昔洛韋等，如頻繁發作(1年6次以上)則需維持4個月至1年。尚可注射干擾素、白介素轉移因子等。局部搽藥有阿昔洛韋霜、噴昔洛韋乳膏等。中藥板蘭根、大黃、穿心蓮、黃薺、大青葉等有一定抗病毒作用，可結合使用。預防復發應避免誘發激活潛存病毒的因素，如不飲酒、不過度勞累，保證足夠的睡眠，防止感冒等其他疾病的發生;外陰保持清潔、干燥。該病雖易復發，但預后好，故不必恐懼。