內異癥主要臨床表現為痛經，疼痛多位于下腹部及腰骶部，可放射至陰道、會陰、肛門或大腿，并伴有性交痛，漸進性痛經是本病的特點。

內異癥另外一個特點是月經不調，表現為經量增多或經期延長，月經紫黯有塊，排流不暢，少數經前點滴出血。

子宮內膜異位癥主要病理變化為異位種植的子宮內膜同在位的子宮內膜一樣受卵巢激素支配，發生周期性出血，血液、分泌液、及組織碎片聚集在組織間隙內，血漿及血紅蛋白緩慢吸收，病灶周圍產生類似感染炎性的反應，纖維組織增生、粘連、皺褶并形成疤痕。在病變處出現紫褐色斑點或小泡，最后形成大小不等的紫藍色結節或包塊。病變因發生部位程度不同而有所差異。

子宮內膜異位癥病灶分布較廣，其中宮骶韌帶76%，子宮直腸陷凹79%，卵巢55。2%，還有分布于盆腔各部位和盆腔器官的表面，根據部位分為腹膜子宮內膜異位癥、卵巢子宮內膜異位癥等。

在內異癥患者中有40％的病人繼發不孕。婦科檢查時子宮多后傾固定，直腸子宮陷凹等部位可捫及觸痛性結節。通過超聲檢查（B超）可發現卵巢巧克力囊腫 。