男性性交痛一般都發生在陰莖頭或包皮刺痛、射精時的腹股溝絞痛、射精后的會陰及腰骶部酸痛，以及射精后排尿時尿道灼痛等幾種。這么多種疼痛，其原因和性質是不一樣的。提起性交痛，多數人以為只是女性的感受。在臨床上男性性交痛也很常見。

　　中年男性陰莖疼痛的病因還可能是“陰莖硬結癥”，它由陰莖白膜和海綿體纖維化改變引起，可服藥或手術治療。

性交痛可能與性交中的陰莖頭或包皮刺痛，可能與包皮過長，而伴侶陰道潤滑不足，牽拉力過強有關。也可能是包皮系帶短，因牽拉受傷而疼痛，如果陰莖頭或包皮出現炎癥，或是女方有陰道炎，也會造成男性的疼痛。這種性交痛可防可治，做個包皮環切術或包皮系帶成型術，治好雙方的炎癥就能解決。

性交痛中射精疼痛主要與生殖道感染炎癥，如前列腺炎、精囊炎等有關，射精管出現結石梗阻和先天性梗阻也會造成射精疼痛。前者可以通過控制感染緩解，后者可以 手術 治愈。

男性在射精后出現輕度、短暫的會陰、腰骶部不適也不少見，多數能自行緩解。只有疼痛較劇烈，持續時間過長時才算是病態。生殖道感染炎癥，(骨)盆底肌肉韌帶充血、炎癥等都可能造成這種狀況。通常需要使用消炎鎮痛 藥物 ，還可以進行理療。