正常睪丸位于陰囊內，陰囊壁能調理部分溫度使其略低于體溫，以維持睪丸的正常功用。隱睪則受情況相對高溫的影響，加上先天的發育不全要素，因此睪丸發育阻滯、生精密胞數目削減且成熟度差，曲精密管發育不全，間質纖維化，各類細胞退行性轉變等組織病變。

并且發現單側隱睪的對側陰囊睪丸，亦早期存在相同的組織學病變，故常使單側隱睪者不育。病變發生的時間并不一致，近年研究發現生命第1年中隱睪與正常睪,二者基本沒有區別，從第3年起（即2足歲后）存在輕度病理改變，3歲后明顯，以后隨著年齡增長而病理改變越趨嚴重,精子形成過程障礙,最后造成不育。據調查雙側隱睪70~100%無生育力,亦可有男性內分泌不足的現象，治療后生育率亦僅40~50%。單側隱睪60~85％生育力低下或不育，治療后生育力可達60~80%。

位置不正常的睪丸，尤其位于腹膜后者，發生腫瘤的機會為正常睪丸的30~50倍,睪丸腫瘤中8~15%發生于隱睪，高發年齡在25~35歲。隱睪惡變的原因，可能與年齡增大，睪丸位置，環境溫度，生精上皮萎縮，激素失衡等有關，早期治療可減少這種危險。

同時專家還指出，由于睪丸位于腹股溝管內或恥骨結節附近，比較表淺、固定、容易受到直接損傷，精索扭轉的發生率亦高。