陰道毛滴蟲(chóng)的致病力隨著蟲(chóng)株及宿主生理狀況、免疫功能、內(nèi)分泌以及陰道內(nèi)細(xì)菌或真菌感染等而改變，尤其是婦女在妊娠及泌尿生殖系統(tǒng)生理失調(diào)時(shí)更易出現(xiàn)炎癥。感染數(shù)天后，陰道粘膜出現(xiàn)充血、水腫、上皮細(xì)胞變性脫落，白細(xì)胞炎癥反應(yīng)。健康婦女陰道因乳酸桿菌作用，pH值維持在3.8-4.4之間，可抑制其他細(xì)菌生長(zhǎng)，不利于滴蟲(chóng)生長(zhǎng)，稱(chēng)為陰道的自?xún)糇饔谩Ｈ欢�滴蟲(chóng)在陰道中消耗糖原，妨礙乳酸桿菌的酵解作用，影響乳酸濃度，從而使陰道pH轉(zhuǎn)為中性或堿性。妊娠及月經(jīng)后的陰道生理周期使pH接近中性，這些都有利于滴蟲(chóng)繁殖，因而感染和復(fù)發(fā)率較高。

感染初期，毛滴蟲(chóng)對(duì)陰道上皮細(xì)胞粘附，并產(chǎn)生細(xì)胞外毒性因子。粘附過(guò)程除涉及到至少四種粘附蛋白（2-65KD）的參與外，還與毛滴蟲(chóng)的阿米巴樣變形有關(guān)，已報(bào)道毛滴蟲(chóng)分泌的毒性因子包括：細(xì)胞分離因子，兩種半胱氨酸蛋白酶（30KD和6KD），以及一種溶血毒素。溶血作用可能是滴蟲(chóng)與紅細(xì)胞直接作用的結(jié)果。