在上海設有傳染病科的公立醫院中，上海市公共衛生臨床中心是比較資深的傳染病醫院。
上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心（簡稱“公衛中心”）是復旦大學附屬三級甲等醫院、又名復旦大學附屬中山醫院南院；全國傳染病醫師進修教育培訓基地、中國疾病預防控制中心艾滋病臨床進修教育基地、上海市疾病控制中心臨床基地；為復旦大學傳染病學國家教育部重點學科組成部分、復旦大學婦產科學國家教育部重點學科組成部分、國家臨床重點專科（傳染病學）建設學組、上海市傳染病重點學科建設單位之一、國家中醫藥管理局中醫藥防治傳染病重點研究室（臨床基地）建設單位等。連續四屆蟬聯上海市文明單位。
公衛中心現有職工800 余名，匯集了復旦大學附屬中山醫院、華山醫院、復旦大學上海醫學院及原上海市傳染病醫院等各方專家、教授。公衛中心核定床位500 張，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、傷寒、乙型腦炎、流行性出血熱、化膿性及結核性腦膜炎、腸道傳染病、艾滋病、肺結核、傳染性非典型性肺炎等各種法定傳染病。在重癥肝炎、妊娠肝炎、中樞神經系統感染和艾滋病治療等方面頗具特色，曾獲多項臨床成果獎和科研獎。公衛中心現設有肝病科、感染科、綜合內科、肝病臨床中心、婦產科、中醫科、呼吸科、外科、普外一科、胸外科、介入科、消化內科、麻醉科、兒科、五官科等臨床科室以及影像科、檢驗科、病理科、藥劑科等醫技科室。
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