一般說來，在妊娠的前3個月中用藥易致胎兒畸形，因這時受精卵正處在相繼分化和聯合階段，胎兒各器官尚未完全形成，易受藥物的影響。妊娠4個月以上，胎兒各器官已形成，藥物已不再有致畸作用。

除“反應停”外，下述藥物可能有致畸作用，所以在妊娠頭3個月中應禁用或小心使用。對此，藥店藥師應該熟知，以便指導顧客安全、合理地用藥。

抗腫瘤藥如氨甲喋啶易引起流產和嬰兒無腦、腦積水、腭裂等畸形，與其他抗癌藥合用危險性更大。還有馬利蘭、苯丁酸氮芥、6-巰基嘌呤、環磷酰胺、去乙酰甲基水仙堿、癌寧、長春堿、烏拉坦及碘治療或骨盆放射，都可引起胎兒畸形。

激素類于妊娠頭3個月應用可使女性胎兒男性化;3個月后應用，可使女性胎兒生殖器暫時增大等。

抗糖尿病藥有報道稱，甲磺丁脲和氯磺丙脲可引起死胎、新生兒死亡、多發性畸形和兔唇等。

抗瘧藥乙胺嘧啶和氯奎可致胎兒耳聾、腦積水和四肢缺陷畸形;長期大量使用奎寧可造成死胎、先天性耳聾。

抗驚、鎮靜安定藥如苯妥因鈉、去氧苯巴比妥、苯巴比妥都能引起胎兒兔唇和腭裂;氯丙嗪可引起視網膜病變;氟哌啶醇可引起四肢畸形，眠爾通、安定、利眠寧也可致畸胎。